Entiendo tu confusión. En el marco del Estatuto de Autonomía de la Comunidad de Madrid y la Ley de Gobierno y Administración de la Comunidad de Madrid, hay diferencias claras en las designaciones de los consejeros y los directores generales de las consejerías.
Consejeros: Los Consejeros son nombrados directamente por el Presidente de la Comunidad. Son miembros del Consejo de Gobierno y tienen a su cargo las diferentes consejerías (departamentos o ministerios a nivel regional) de la Comunidad de Madrid.
Directores Generales de las Consejerías: Por otro lado, los altos cargos de las consejerías, como los Directores Generales, son nombrados por el Consejo de Gobierno de la Comunidad de Madrid. Esto significa que, aunque el Presidente tiene la facultad de nombrar a los Consejeros, los directores generales son nombrados colectivamente por el conjunto del Consejo de Gobierno, que incluye al Presidente y a todos los Consejeros.
En resumen, el Presidente nombra a los Consejeros, y estos, junto con el Presidente en el Consejo de Gobierno, nombran a los Directores Generales de las consejerías. Son roles distintos con procesos de nombramiento que involucran diferentes niveles de decisión dentro de la estructura gubernamental de la Comunidad de Madrid.